Botanični vrt v Ljubljani na današnjem mestu deluje že vse od leta 1810. V času Ilirskih provinc, je bil ustanovljen kot Vrt domovinske flore v okviru visokih šol (Écoles Centrales). Zasnoval ga je Franc Hladnik (1773-1844), ki je bil njegov prvi ravnatelj in hkrati še predavatelj za naravoslovje in botaniko na že omenjeni šoli. Prvotno je vrt meril 33 arov (919 klafter), imel je letno dotacijo 1000 frankov in sistemizirano mesto vrtnarja s 500 franki letne plače. Hladnik je v njem najprej zasadil rastline, ki jih je že prej gojil na licejskem vrtu. V inventarnem spisku za leto 1812 navaja že 766 domačih vrst, ki rastejo v vrtu.

Hladniku in njegovemu poznanstvu z avstrijskimi botaniki gre zahvala, da se je po obnovi avstrijske oblasti vrt ohranil. Po letu 1822 so ga povečali za približno 16 arov in ogradili. Hladnik je v vrtu deloval do leta 1834, ko je vodstvo prevzel J. N. Biatzovsky. V njegovem času so vrt zopet povečali. Od leta 1850 do 1867 je vrt vodil Hladnikov učenec Andrej Fleischmann (1804-1867). Leta 1843 je izšlo njegovo delo "Übersicht der Flora Krains" (Pregled kranjske flore).

V letu 1889 je Alfonz Paulin (1853–1942), ki je vodstvo vrta prevzel le tri leta prej, začel izdajati seznam semen (Index seminum). Na osnovi tega seznama je kmalu navezal stike z 78 vrtovi po Evropi. V letih 1901 do 1936 je izhajala njegova znamenita herbarijska zbirka kranjske flore - Flora exsiccata Carniolica.

Z ustanovitvijo Ljubljanske univerze (1919) je vrt že leta 1920 prišel pod njeno okrilje, kjer deluje še v današnjem času v okviru Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete.

Po drugi vojni, leta 1946, je vrt v času vodstva Jožeta Lazarja, doživel povečanje na 2,35 ha in dobil je prvi rastlinjak. Njegovo delo je nadaljeval Vinko Strgar (1967 –1992). Zaradi širitve ceste se je površina vrta pozneje zmanjšala na 2 ha. Prišlo je do odločitev o ureditvi novega vrta v okviru Biološkega središča pod Rožnikom, nasproti živalskega vrta, ki žal še vedno ni uresničena. Je pa tam že nasad japonskih češenj in v zimskem času pa v rastlinjaku prezimuje bogat zbirka sredozemskih rastlin.

Z letom 1991 je bil botanični vrt na Ižanski cesti zavarovan kot spomenik oblikovane narave na lokalni ravni, leta 2008 pa je dobil status spomenika državnega pomena. Velja za najstarejši botanični vrt v jugovzhodnem delu Evrope. V evropskem merilu spada med srednje stare vrtove. Glede na to, da že 200 let deluje na istem mestu, ga uvršča med pomembnejše stare evropske vrtove. Mnoge starejše je kar nekajkrat v njihovi zgodovini doletela selitev.