Pomembna naloga botaničnega vrta je gojitev in raziskovanje naših endemitov. V vrtu jih uspešno gojimo, nekatere med njimi imamo že celo v kulturi, npr.:

• Juvanov netresk (Sempervivum juvanii)

• rebrinčevolistna hladnikija (Hladnikia pastinacifolia)

• Hladnikov volčič (Scopolia carniolica f. hladnikiana)

Ob morebitnem izginotju na naravnem rastiščujih lahko rastline, ki jih uspešno gojimo v kulturi, tja ponovno naselimo.

V vrtu je kar nekaj rastlin, ki so v naravi ogrožene ali v naravi v Sloveniji že celo izumrle. Taka je ena najbolj zanimivih rastlin vrta, Fleischmannov rebrinec (Pastinaca sativa var. fleischmanni). Ta rastlina je bila v prvi polovici 19. stoletja najdena na Ljubljanskem gradu, vendar se je do danes ohranila samo v Botaničnem vrtu v Ljubljani.

Tudi iz skupine prizadetih vrst jih imamo že nekaj v kulturi:

• močvirska logarica (Fritillaria meleagris),

• pikasti mišjak (Conium maculatum),

• kochov svišč (Gentiana kochiana),

prav tako tudi nekaj ranljivih vrst:

• kalužni šaš (Carex limosa),

• močvirska kačunka (Calla palustris),

• barjanska vijolica (Viola uliginosa).

 Poleg tega gojimo tudi rastline, ki so v Sloveniji na meji svojih arealov:

• scopolijev repnjak (Arabis scopoliana),

• dimarska smiljka (Cerastium dinaricum),

• vrtna vetrnica (Anemone hortensis).

Veliko je še rastlin, ki imajo v Sloveniji svoje klasično nahajališče, kar pomeni, da so bile tu rastoče rastline tiste, po katerih je bila opisana celotna vrsta. Zato si zaslužijo še posebno mesto, saj so že takrat svetu predstavljalenaše ozemlje. Deželo Kranjsko so npr. poznali po blagajevem volčinu (Daphne blagayana).