V letu 1999 smo v botanični vrt dobili 300 japonskih češenj, darilo države Japonske Sloveniji, ki ga je podarilo združenje ljubiteljev cvetočih češenj. Japonske češnje imajo za Japonce velik simbolni pomen skozi vso njihovo zgodovino. V času cvetenja je to za Japonce pravi praznik, tedaj se zbirajo in občudujejo ta prelepa drevesa. V vrtu je tako zdaj zasajenih sedem različnih vrst oziroma kultivarjev:      

 Prunus campanulata
 Prunus x yedoensis 'Yedoensis'
 Prunus jamasakura 'Kenro-kuen-kumagai'
 Prunus lannesiana 'Goiko'
 Prunus lannesiana 'Sekiyama'
 Prunus sargentii
 Prunus verocunda 'Antiqua'. 

Slovesna predaja češenj je bila tretjega februarja leta 1999 v japonskem parlamentu. Češnje smo po obvezni karanteni v botaničnem vrtu zasadili na novi lokaciji botaničnega vrta. Prvo češnjo je zasadila 9. oktobra 2000 njena cesarska visokost japonska princesa Sayako na vhodu v bodoči novi botanični vrt pod Rožnikom, kjer je sedaj že oblikovan nasad teh lepih cvetočih dreves.