Botanični vrt je razdeljen na 9 enot, ki si jih lahko ogledate tudi na zemljevidu.

Arboretum (1): del vrta, kjer so predstavljeni predvsem različni predstavniki dreves in grmovnic. Večji del arboretuma je v najstarejšem delu vrta.

Rastlinski sistem (2): rastline so razvrščene po sorodstvenih kriterijih. Na gredah v osrednjem delu vrta je predstavljeni okrog 80 različnih družin, ki so zastopane z različnim številom rodov.

Bazeni z vodnimi, močvirskimi rastlinami  in bajer (3,4): tukaj rastejo predvsem močvirske in vodne rastlin, ki zahtevajo posebne razmere, da lahko uspevajo zunaj  naravnih rastišč.

Skalnjak z rastlinami iz gorskih predelov in Krasa, ki so razporejene glede na različen geografski izvor, zato jih imenujemo tudi ekološko-geografske skupine (5).

Rastlinjak (6): v njem rastejo zlasti predstavnice tropskih rastlinskih vrst, ki potrebujejo višjo zračno vlago in bolj ali manj enakomerno temperaturo čez vse leto. Ogled je možen le s strokovnim vodstvom in predhodni najavi.

Sredozemske rastline (7) v velikih loncih so predstavljene sredozemske rastline iz različnih koncev sveta. V zimskem času jih prenesemo v rastlinjak.

Tematski vrt (8) predstavljene so različne skupine rastlin glede na njih uporabo: zdravilne, strupene, industrijske ….

Gojitveni del (9): sestavljajo ga grede za vzgojo in množenje rastlin, namenjenih za zasaditev v različne dele vrta, obenem pa je to tudi prostor za raziskovalno delo. Ogled je možen le s strokovnim vodstvom.