V letu 1999 smo v botanični vrt dobili 300 japonskih češenj, darilo države Japonske Sloveniji, ki ga je podarilo združenje ljubiteljev cvetočih češenj. Japonske češnje imajo za Japonce velik simbolni pomen skozi vso njihovo zgodovino. V času cvetenja je to za Japonce pravi praznik, tedaj se zbirajo in občudujejo ta prelepa drevesa. V vrtu je tako zdaj zasajenih sedem različnih vrst oziroma kultivarjev:

Prunus campanulata

Prunus. x yedoensis 'Yedoensis'

Prunus jamasakura 'Kenro-kuen-kumagai'

Prunus lannesiana 'Goiko'

Prunus lannesiana 'Sekiyama'

Prunus sargentii

Prunus verocunda 'Antiqua'.