V vrtu predstavljamo rastline posamezno in v obliki rastlinskega sistema, kar je pomembno tako za raziskovalne, pedagoško-didaktične in hortikulturne namene. 

V vrtu vsako leto nabiramo semena za lastne potrebe in tudi za izmenjavo med botaničnimi vrtovi. Imamo tudi semensko gensko banko. Nekatera semena lahko pri nas kupite tudi vi. Vsako leto sodelujemo pri izmenjavi seznamov semen z 293 vrtovi po vsem svetu.

Raziskujemo naše endemite, nekaj jih v vrtu tudi uspešno gojimo v kulturi. Vzgajamo rastline, ki so v naravi ogrožene ali v Sloveniji celo že izumrle. Gojimo rastline, ki so v Sloveniji na meji svojega areala razširjenosti. Posebno mesto namenjamo rastlinam, ki imajo na našem ozemlju klasično nahajališče. V zadnjih letih smo ponovno začeli v kulturi uspešno gojiti nekatere pri nas redke visoko- in nizkobarjanske vrste. Ob morebitnem izginotju rastlin na naravnem rastišču le-te tja lahko ponovno naselimo.

Vrt kot eksperimentalno področje uporabljajo različne institucije za poskuse na rastlinah, ki jih je treba nekaj časa gojiti.

Vodeni ogledi botaničnega vrta predstavijo obiskovalcem rastlinski svet kompleksno in zanimivo.

Kot karantena je služil botanični vrt 300 japonskim češnjam, ki jih je Sloveniji poklonila država Japonska.

V prihodnosti pa nas čaka velik projekt zasaditve novih površin pod Rožnikom na Večni poti.

Botanični vrt je včlanjen v svetovno organizacijo botaničnih vrtov BGCI (Botanic Gardens Conservation International).