Po materini smrti leta 1796, za Humboldta ni bilo nobene ovire več, ki bi njegov pustolovski duh zadržala doma v Prusiji. Z dovolj veliko dediščino so bile njegove sanje po popotovanju še bližje. Takoj se je lotil intenzivnih priprav, v katerih si je priskrbel vse potrebne merilne instrumente, potoval po Evropi, kjer si je nabiral dodatna znanja o geologiji, botaniki, zoologiji in astronomiji. Na Dunaju se je v cesarskem vrtu lotil dodatnega preučevanja tropskih rastlin, mimogrede plezal po Alpah in meril višine vrhov. Leta 1798 je pripotoval v Pariz, tedanje središče znanosti, si tam širil svojo mrežo znanstvenikov in se spoznal s prav tako nadobudnim in pustolovščin željnim botanikom Aiméjem Bonplandom (29.8.1773 – 11.5.1858). Humboldt je v njem prepoznal idealnega sopotnika na njegovi ekspediciji. Z novimi merilnimi instrumenti, znanjem in željo po neznanem sta v Parizu čakala na odpravo, ki bi ju popeljala v svet. A zaman. Zaradi nemirov v tedanji Evropi se je cilj zdel nedosegljiv. Zapustila sta Francijo in srečo poskusila v Španiji. Španski kralj Karel IV. jima je nato izdal potni list za potovanje v kolonijah Južne Amerike. Končno je napočil trenutek, ko sta se junija leta 1799 v pristanišču La Coruño vkrcala na fregato Pizzaro in odplula. Z vmesnim postankom na Tenerifih, kjer sta se povzpela na ognjenik Pico del Teide, sta se Humboldt in Bonpland julija istega leta končno izkrcala na obalah Nove Andaluzije (danes Venezuele).
»Resnični namen potovanja je odkriti, kako so vse sile narave med seboj prepletene in povezane. Človek mora težiti po dobrem in velikem, ostalo je odvisno od usode.«
A. von Humboldt
V Novem Svetu se jima je pred očmi odkrila pisana narava tropskih krajev. Nad njo sta bila preprosto očarana in sta takoj pričela z zbiranjem primerkov rastlin, živali, kamnin… Karkoli se je dalo izmeriti, je Humboldt tudi izmeril. Prva stvar, ki jo je Humboldt namreč storil, ko je stopil na tla Novega Sveta je bila, da je takoj zapičil termometer v pesek in izmeril njegovo temperaturo. Ob neki drugi priložnosti je v Cumani med potresom popolnoma hladnokrvno pripravil svoje merilne instrumente in izmeril dolžino sunkov in opravil meritve elektrike.
.
