Botanični vrt v Ljubljani na današnjem mestu deluje že vse od leta leta 1810. V času Ilirskih provinc (1809-1813), je bil ustanovljen kot Vrt domovinske flore v okviru visoke šole (École Centrale). Zasnoval ga je Franc Hladnik (1773-1844), ki je bil njegov prvi ravnatelj, hkrati je bil predavatelj za naravoslovje in botaniko na že omenjeni šoli. Prvotno je vrt meril 33 arov (919 klafter), imel je letno dotacijo 1000 frankov in sistemizirano mesto vrtnarja s 500 franki letne plače. Hladnik v pismu rektorju visokih šol (27.12.1810) navaja, da je bilo v septembru posajenih 447 linnéjevskih vrst. V inventarnem spisku za leto 1812 pa navaja že 766 domačih vrst, ki rastejo v vrtu.
Hladniku in njegovemu poznanstvu z avstrijskimi botaniki gre zahvala, da se je po obnovi avstrijske oblasti vrt ohranil. Po letu 1822 so ga povečali za približno 16 arov in ogradili. Hladnik je v vrtu deloval do leta 1834, ko je vodstvo prevzel J. N. Biatzovsky. V tem času so vrt zopet povečali. Od leta 1850 do 1867 je vrt vodil Hladnikov učenec Andrej Fleischmann (1804–1867). Leta 1843 je izšlo njegovo delo "Übersicht der Flora Krains" (Pregled kranjske flore).
V letu 1889 je Alfonz Paulin (1853 – 1942), ki je vodstvo vrta prevzel le tri leta prej, začel izdajati seznam semen (Index seminum). Na osnovi tega seznama je v letu 1892 navezal stike že z 78 vrtovi po Evropi. V letih 1901 do 1936 je izhajala njegova znamenita herbarijska zbirka kranjske flore - Flora exsiccata Carniolica.
Z ustanovitvijo Ljubljanske univerze (1919) je vrt že leta 1920 prišel pod njeno okrilje, kjer deluje še danes v okviru Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete.
Po drugi vojni, leta 1946, je vrt v času vodstva Jožeta Lazarja, doživel povečanje na 2,35 ha in v letu 1955 dobil prvi rastlinjak. Njegovo delo je nadaljeval Vinko Strgar (1967 –1992). Zaradi širitve ceste se je površina vrta pozneje zmanjšala na 2 ha. Prišlo je do odločitev o ureditvi novega vrta v okviru Biološkega središča pod Rožnikom, nasproti živalskega vrta, ki pa žal še vedno ni uresničena.
Z letom 1991 je bil obstoječi vrt zavarovan kot spomenik oblikovane narave na lokalni ravni, leta 2008 pa je dobil status spomenika državnega pomena. Velja za najstarejši botanični vrt v jugovzhodnem delu Evrope. Kljub temu, da se je v vsej 200 letni zgodovini vsake toliko časa pojavi zamisel za selitev vrta na primernejšo lokacijo, vedno je to nekje v Tivoliju, do tega ni prišlo. Botanični vrt je svojo 200 letnico dočakal tam, kjer so leta 1810 zasadili prve rastline. Kljub temu pa je simbolično v Tivoli prišel ob koncu leta 2009, ko je Mestna občina Ljubljana rastlinjak nekdanje mestne vrtnarije namenila rastlinam iz botaničnega vrta, ki so tam od tedaj na ogled.
Botanični vrt Univerze v Ljubljani ima v svoji bazi zabeleženih 5.729 rastlinskih vrst, podvrst in tudi nekaj sort. Od tega jih ima s strani BGCI sedaj evidentiranih in potrjenih že 4.844.
Jože Bavcon